Productos - Biología molecular - Ácidos nucleicos - NGS

Quick-16S NGS Library Prep Kit

Ref. D6400

La secuenciación del ARNr 16S es una técnica de rutina para la elaboración de perfiles de composición del microbioma. En comparación con la secuenciación de la metagenómica de escopeta, la secuenciación del ARNr 16S es más rentable y más sólida; generalme

Características de Producto

Más rápido: solo 1,5 horas de tiempo práctico. Sin análisis Tapestation® ni limpiezas AMPure®.
Preciso: la utilización de PCR en tiempo real limita la formación de quimeras de PCR.
Mayor cobertura: los nuevos cebadores aumentan la cobertura filogenética de bacterias y arqueas y permiten la resolución a nivel de especie para el perfil del microbioma humano.

Descripción de Producto

La secuenciación del ARNr 16S es una técnica de rutina para la elaboración de perfiles de composición del microbioma. En comparación con la secuenciación de la metagenómica de escopeta, la secuenciación del ARNr 16S es más rentable y más sólida; generalmente requiere menos ADN de entrada y se ve menos afectado por la presencia de ADN del huésped. Sin embargo, la secuenciación del ARNr 16S tiene sus propios desafíos. Un desafío importante es la formación de secuencias quiméricas de PCR, que son secuencias artificiales resultantes de la recombinación de dos o más plantillas de PCR. Además, con los cebadores 16S comunes, es difícil lograr una resolución a nivel de especie y una amplia cobertura filogenética. Además, los protocolos comunes de preparación de bibliotecas 16S utilizados en el campo no se han optimizado para ser rentables para aplicaciones a gran escala. El kit de preparación de bibliotecas Quick-16S NGS tiene como objetivo estandarizar el proceso de preparación de bibliotecas para la secuenciación de rRNA 16S. Las características distintivas del kit se describen a continuación. Preparación de la biblioteca de ARNr 16S más rápida. El kit de preparación de bibliotecas Quick-16S NGS utiliza PCR en tiempo real (cuantitativa) (qPCR) en lugar de PCR de punto final para la amplificación de ARNr 16S, lo que permite la cuantificación directa de productos de PCR y elimina la necesidad de análisis de cuantificación de bibliotecas adicionales como el análisis TapeStation o la electroforesis en gel . Se introduce una limpieza enzimática entre los dos pasos de la PCR, lo que ahorra tiempo y reduce los costos en comparación con las limpiezas prolongadas basadas en perlas de AMPure. Con estas características, el kit reduce drásticamente el tiempo de preparación de la biblioteca 16S. Sencillo. El kit de preparación de biblioteca Quick-16S NGS incluye todos los reactivos necesarios para convertir 96 muestras de ADN en una biblioteca 16S. La biblioteca resultante es directamente compatible con Illumina MiSeq sin necesidad de cebadores de secuenciación personalizados adicionales. Preciso. La utilización de PCR en tiempo real también permite a los usuarios controlar los ciclos de PCR. Esto limita la formación de quimeras y el sesgo de la PCR al tiempo que se obtienen suficientes productos para la secuenciación posterior. En la mayoría de los casos, la abundancia de secuencias quiméricas de PCR se mantiene por debajo del 2%. Mayor cobertura. Debido a la rápida expansión de las bases de datos de ARNr 16S, se ha hecho evidente la cobertura microbiana insuficiente de los conjuntos de cebadores 16S comunes. Zymo Research ha rediseñado dos conjuntos de cebadores comunes dirigidos a las regiones 16S V1-V2 y 16S V3-V4 basándose en la base de datos de referencia 16S más actualizada y ha mejorado significativamente su cobertura.

Especificaciones Técnicas

Amplicon Size	The size of the 16S V1-V2 region and the 16S V3-V4 region (including primers) is ~350bp and ~460bp, respectively. The final amplicon size after addition of barcoded primers is ~486bp and ~596bp, respectively.
Barcode Sequences	Available here
Equipment	Microcentrifuge, plate spinner (centrifuge), 96-well real-time quantitative PCR system, 96-well real-time PCR plates.
Index Primers	Dual index (barcodes) to uniquely label 96 samples.
Preparing > 96 Samples	For guidelines to preparing more than 96 samples, please click here.
Recommended RT PCR System	Bio-Rad CFX96 Real-Time PCR Detection System (any model), Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System.
Sample Input	Purified microbial DNA ≤ 20 ng/µl, free of PCR inhibitors.
Sequencing Compatibility	Illumina MiSeq without the need to add custom sequencing primers. Zymo Research recommends the MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle).